公司停业后长期未注销，在符合法定条件且完成必要手续的前提下，仍可依法进行转让。这一结论需结合工商、税务、法律等多维度综合判断，其核心逻辑在于确保公司主体资格合法、债务关系清晰、合规风险可控。

一、工商状态正常是转让前提
根据《公司法》及工商登记管理规定，公司停业但未注销的，需确保工商信息无异常。具体包括：按时提交年度报告，避免因未公示年报被列入经营异常名录；注册地址真实有效，未因地址失联被标记异常；无未结案的司法案件或行政处罚记录。例如，某公司停业两年但每年按时完成工商年报，且无地址异常或涉诉记录，即可通过工商部门审核启动转让程序。

二、税务合规是转让关键
税务风险是停业公司转让的核心障碍。根据《税收征收管理法》，公司需确保停业期间持续履行纳税申报义务，即使无经营收入也需进行零申报，避免因欠税或非正常户状态被税务机关限制。例如，某企业停业后未申报增值税，被认定为“非正常户”，需补缴税款及滞纳金并解除异常状态后，方可办理股权变更登记。此外，需核查是否存在未结清的发票、空头支票等历史遗留问题，防止受让方接手后承担连带责任。

三、法律风险需提前隔离
公司停业未注销期间，若存在未清偿债务或未决诉讼，可能引发转让后的法律纠纷。根据《公司法》司法解释，若转让方未如实披露债务，受让方有权追责。因此，转让前需通过审计、资产清算等方式明确债权债务关系，并在协议中约定责任划分条款。例如，某停业公司通过第三方机构出具《债务清偿报告》，确认无隐性负债后，成功完成股权转让。

四、转让流程需依法依规
停业公司转让需遵循标准程序：首先，股东会决议通过转让方案；其次，签订股权转让协议并完成工商变更登记；最后，受让方需按“财产转让所得”缴纳20%个人所得税，并办理印花税申报。若公司存在银行贷款或对公账户，需提前结清贷款或注销账户，避免后续纠纷。

公司停业长期未注销并非转让的绝对障碍，但需以合规为前提。建议转让方在操作前委托专业机构进行尽职调查，全面排查工商、税务、法律风险，并通过协议条款明确各方权责，确保转让过程合法高效。